정부가 실제로 거주하지 않는 1주택에 대한 장기보유특별공제 혜택의 축소를 예고한 가운데, 비거주 1주택자의 양도소득세 부담이 최소 2배 이상 늘어날 것으로 전망된다.

지난 12일 국회 국토교통위원회 이종욱 국민의힘 의원실이 국회예산정책처에 의뢰해 받은 분석 결과에 따르면 양도가액 12억 원을 초과하는 주택을 10년 이상 보유 및 5년 거주한 1세대 1주택자가 보유공제 폐지시 양도세 부담이 최대 6120만 원 증가해 최대 2.5배까지 늘어나는 것으로 나타났다.

현행 소득세법상 1가구 1주택은 12억 원 초과 주택을 매도할 때 거주기간(2~10년 이상)과 보유기간(3~10년 이상)에 따라 양도차익을 최대 80%까지 공제받을 수 있다.

정부는 보유공제(최대 40%)를 없애거나 축소하는 안과 보유공제를 거주공제로 합쳐 최대 80%를 유지하는 안 등을 검토하는 것으로 전해진다. 만약 보유공제가 완전히 폐지될 경우, 가격이 높게 뛴 서울 고가주택 단지에선 세금이 더 큰 폭으로 증가할 전망이다.

즉, 보유공제만 없애거나 그만큼 거주공제를 늘리든 비거주 기간이 발생하면 곧장 세금 부담 증가로 이어진다는 것이다.

이에 정부가 비거주 1주택에 세 낀 매물을 팔 수 있도록 퇴로를 열어줬지만, 매도 시 세 부담으로 거래가 위축될 수 있다는 우려도 나온다.

아울러 직장이나 자녀 교육 문제로 비거주 1주택 상태가 된 집주인도 사정이 복잡해진다. 정부가 보유세를 개편하면 고가주택 및 비거주 1주택을 주요 타킷으로 할 가능성이 높은데, 사유별 예외가 어디까지 인정될지도 확실하지 않다는 지적이다.

전문가들은 "장특공제가 개편되더라도 현금 여력이 부족한 고령층이 다운사이징을 위한 목적의 매물을 일부 내놓는 수준에 그칠 가능성이 크다"며 "다주택자와 비교하면 1주택자의 세 부담 자체가 상대적으로 크지 않은 데다, 이들에 대해 징벌적 수준의 과세를 하는 데도 한계가 있다”고 분석했다.

한편 정부가 지난 12일 토지거래허가구역에서 주택 매수자에게 적용되는 실거주 의무를 세입자가 있는 주택을 대상으로 연말까지 한시 유예했다.

앞서 토지거래허가구역 내에서 주택을 거래할 경우, 매수자는 계약일로부터 4개월 이내에 반드시 실거주해야 했다. 다만 앞으로는 토지거래허가구역 내라도 세입자가 있는 집을 팔 경우에는 임대차 계약이 끝날 때까지는 실거주 의무를 미뤄주기로 한 것이다.

이는 세입자가 있는 집은 실거주 의무로 인해 주택 거래가 쉽지 않다는 점을 반영한 조치다. 일부 다주택자에게 실거주 유예를 적용하고 있는데 이에 대한 형평성 차원이라고 정부는 설명했다.

유예를 받으려면 연말까지 관할 관청에 토지거래허가를 신청해 허가를 받아야 하며, 허가받은 뒤에는 4개월 안에 주택 취득 등기를 마쳐야 한다. 이는 늦어도 2028년 5월 11일까진 실입주를 해야 한다. 실입주 하지 않을 경우, 이행 강제금이 부과되고 상황에 따라 거래가 취소될 수 있다.